山本的计划非常简单，他的海军舰队需要休整，等到补充和休整完毕之后，他的舰队可以恢复作战能力，这个时候又没有了瓦胡岛这个固定点的羁绊，他可以在大洋上选择一个有利的位置寻求决战，更容易的击垮美国舰队。
当然他也知道，现在一旦撤军，那么美国也就算彻底缓过气来，那么逼迫美国短期内投降的计划，也就变得更加困难气来。不过日本海军现在必须要休整了，这是他觉得必须要做的事情，没有办法省略。
至于战略的主动权易手，他也不是没有考量过，在山本五十六看来，现在日本的进攻已经显露出疲软的态势来，强撑着表演给美国看有没有效果，实在是难以预料的事情，为这么一个不一定奏效的欺骗来搭上整个第一航空舰队，是不值得的事情。
于是他在得到大岛还有福田两名陆军将领的电报之后，立刻下达了撤退的命令，山本五十六希望这4万名陆军士兵可以在瓦胡岛和可爱岛上坚持4个月，那个时候他将带领着精锐的日本联合舰队再杀回来，一举歼灭附近的美国海军。
山本的盘算非常简单，那就是用几个月的被动去争取一次先手，再上演一次类似威克岛之战时候的海上歼灭战，将美国人的舰队再一次歼灭，那个时候再来讨论是战是和的问题。
“给山本元帅回电！跟他说，南云忠一决心拼死一战！”南云忠一想了想之后，在所有人期待的目光下咬着牙说出了自己的决定：“大日本帝国的军人，还没有逃走的传统！我南云不是懦夫！我的手下也不是懦夫！”
“将军！”有一名电报室的军官走了进来，把一份电报递给了南云忠一：“山本元帅来电，说……”
“说什么？”南云一把抢过了那份电文，因为速度过快，甚至撕扯掉了一个小小的角落。他仔细的看清上面的文字，竟然是山本本人的口气：“如果你不服从我的命令，我将和长门号战列舰赶往你的舰队，并且亲自接手你的指挥权！”
南云面无表情的看完了这份电文，最终还是开口说道：“命令舰队向南转向，脱离交战海域！”
“将军！”一个主战派的军官上前一步，想要劝说南云改变自己的主意。
南云伸出自己的手来打断了他的话：“好了！不要再说了！山本元帅的命令是对的！我们这么苦战下去，会误了元帅的大事！他有自己的计划，我们遵守就是了！”
上午11时12分，日本第一航空舰队的战舰开始转向，同时美国有一批战机赶到，趁乱击伤了日军的飞龙号航母，造成了日军地勤和水手2人死亡32人受伤。不过在中午之前，日本海军就脱离了与美国海军的接触，在可爱岛以西洋面上重新集结。
夏威夷海战就这样以虎头蛇尾的样子结束，美国海军夺回了太平洋中部地区的海上主动权，太平洋战场在被日本统治了将近4个月之后，进入到了战略相持阶段。