抓捕顺利完成，赵昺也松了一口气，听着外边阵阵的爆竹声，显然城中百姓并不晓得宫中刚刚经历了一场兵不血刃的战斗。但他是无缘了欢乐了，对于被抓捕的人员要尽快的进行甄别、审讯、收集证据，为定罪做好准备，同时要从各部和州府地方官员中抽调人员参与审讯，驻鄂州文武主官皆要听审。这样一来既可体现公开、公正，免得被人说成‘莫须有’；另外也以此作为警示，让他们现场接受下教育。
在解决了威胜军这个威胁之后，赵昺立刻诏令尚驻扎在琼州行朝派员前往漳州、建安等闽广地区改组州县地方官府，清除秦林锋的残余势力，进一步查找、收集其犯罪证据。而他之所以没有从鄂州及临安方面调派官员，一者现在秦林锋被控制的消息还没有传开，趁其同伙还未反应过来宣旨强势入驻；二者琼州离闽广最近，可以及时赶到控制形势。
与此同时要取消威胜军军号，但对所部军兵妥善处置。赵昺的意思是经过甄别后，对老弱军兵发给遣散费归乡，青壮整训后打散补入禁军各部。可江钲提出不同意见，他以为以其将威胜军打散，不若将他们改变成屯驻地方的独立师，即可以镇守地方，也可减轻禁军的压力。
赵昺想想深以为是，禁军是征战的主力，而现在却还要承担镇戍地方的任务，这等于分散和削弱了禁军的战斗力。另一方面在以后相当长的一段时期内战事仍频，不仅要抵御蒙元的反扑，还要继续复国之战。使得禁军不可能久驻一地，要随时接受调遣备征。于是他令江钲编制湖广及江西兵要及兵力配置曁要，报于兵部，待集议后再行定夺。
另外鄂州及江陵两地共俘敌近四万人及龙兴水军一部，降军中所有蒙古人及色目人皆被处死，除部分新附军及老弱自愿返乡外，大部分北人皆留置军中。赵昺早答应陈奕的要求，准其返乡，并赏赐其田地二十顷，钱五万贯。同时从董义成部抽调骨干，以龙兴水军降兵为基础改编为荆湖水军，并以其兼任统制，年后移驻岳州洞庭湖进行整编，并对缴获的战船进行改造。
此外还尚有二万多人的降军，赵昺建议也将他们编成两个独立师，一则这些人必定是当过兵的，熟知军旅，又有作战经验，比之那些新征募的新兵能够更快的适应军旅生活。不利的是他们要重新适应宋军的规则和作战方式，尤其是宋朝失去中原已经百余年，北人对大宋朝一直视为敌国，要想从心中改变他们的思想并不是件容易的事情。
但是赵昺以为自己终将面对这一切，当战场转移到江北的时候，物资和兵员补充都需要就地解决，摸索出一套改造其的方式和经验。并可以在接触中更进一步的了解蒙元军队的训练和作战方式，及兵员的征用、物资调拨的运作方式，总结出一套适合自己将来在中原地区作战的战术。
没有远虑必有近忧，对于小皇帝的考虑大家深以为是，毕竟在夺取江南后形势与作战方式将发生很大的变化，那么己方的战略和战术都要进行转变。而此前在琼州实施的是决战海上为主，陆地防御为辅作战方针。但是在那时候，小皇帝就开始针对江南的地形进行登陆作战，山地和水泽地带作战及野战进行训练，并通过小规模的实战积累经验，这才有了今日一连串的胜利。
但是到了江北以至中原地区，以步军为主的宋军将面临着巨大挑战，那里不及江南水道纵横，他们可以凭借水上的优势，以战船为机动工具快速的到达战场，进行增援和补给。而江北气候与江南又有很大的差异，雨季和旱季水文情况变化很大，冬季江河更会结冰，那么他们这种依托强大水军的作战方式就难以适用。
另外内陆地势平坦、辽阔，步军作战在没有城池和山地、河流依托的平原上作战，时刻会受到敌骑兵的突袭，交通被截断，导致物资难以运输，没有了补给大军终将不战自溃。但是蒙古人却可以在没有后勤供给的情况下千里行军作战，这其中也是有可以借鉴的经验。同样也可以从中找出敌军的弱点，毕竟没有人不吃不喝可以活过十天的，而这些曾与蒙军长期配合作战的敌汉军就是最好的活教材。
在江南行政区划和战区设置上，赵昺打算仍然暂时采用元廷的行省制，不过当前只能体现在军事上，能否在行政区划上使用还得在回京后进行集议。他认为元行省制是古代多民族统一国家发展壮大过程中中央与地方权力结构不断调整、完善的产物，并非单纯的中央集权或地方分权。
而元行省制的历史价值在于它创立了一种以行省为枢纽，以中央集权为主，辅以部分地方分权的新体制。该体制有具有两重性又长期代表中央分驭各地，主要为中央收权兼替地方分留部分权力，所握权力大而不专。且元代的行省制引起了中央与地方权力结构的较大变动，就中国的历史环境、具体条件而言，中央集权比地方分权的合理性与进步性明显多一些，当前社会和后世，乃至现代影响至深。
赵昺清楚自隋唐以降，中央集权逐渐取代地方分权